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En el caso de que una prueba estándar de paternidad de ADN no se pueda realizar, en ciertas ocasiones se puede utilizar la prueba del cromosoma Y de ADN ya que éste cromosoma Y está presente solamente en los hombres y se trasmite a través del linaje del hombre, es decir que se transmite de padre a hijo, a nieto y así sucesivamente.
Por lo tanto el poder determinar ya sea que dos hombres compartan el mismo cromosoma Y ayudaría por consecuente a establecer la relación biológica que los une. La prueba de ADN puede ser igualmente aplicada para saber la relación entre dos primos varones, abuelo y nieto, tíos y sobrinos, etc.
Existe tan sólo una variación de esta prueba de ADN, que es el hecho que éste tipo de prueba no señalará quien es exactamente el padre. Es decir, que en el caso de que los hombres sean parientes, este tipo de prueba sólo indicará que estos dos hombres pertenecen al mismo linaje pero no se podrá establecer ni concluir si comparten el mismo padre biológico. Por lo tanto los resultados obtenidos deberán ser interpretados según las circunstancias así como con la ayuda de otras pruebas de ADN realizadas a otros familiares.
