“Cadena de custodia” se refiere al manejo propio o el control de muestras de ADN durante el proceso de prueba. Primero se necesita a una persona ajena para verificar la identidad de las personas sometidas a la prueba y tomar las muestras. Después de esto, Las muestras de ADN y los documentos apropiados (copias firmadas de los documentos de identificación) han de ser entregados al lugar de realización de la prueba para asegurar que no han sido modificados, y Finalmente el laboratorio donde se realizan las pruebas ha de asegurar que las muestras y la respectiva documentación sean monitoreados durante todo el proceso. Si este procedimiento se hace rigurosamente el laboratorio podrá ejercer resultados con certificados compulsados que podrán ser usados en el juzgado.
En contraste a las pruebas de paternidad realizadas en casa, las muestras son tomadas por los mismos clientes y por tanto no hay verificación independiente de las muestras, por esto el laboratorio no puede verificar o confirmar la identidad de las personas analizadas.